國立成功大學圖書館於96年度邀集16所雲嘉南區域教學資源中心夥伴學校,以及國立中山大學、國立中正大學、國立高雄第一科技大學等3校,向教育部申請「95年度教育部補助大學購置人文社會圖書計畫」,提出並共同購置12學門主題書單。該購書計畫於97年執行完畢,共採購21,137冊圖書。為達成「分散建置、整合利用」之目的,遂成立雲嘉南區域20校圖書館聯盟,並啟動聯盟圖書互借機制,奠定雲嘉南區域內圖書資源共享之基礎。國立臺南大學、國立金門大學及興國管理學院則分別於98年、100年加入圖書館聯盟,聯盟圖書館合計達23所。

自100年7月起,技職校院退出雲嘉南區域教學資源中心夥伴學校行列,但雲嘉南區域23校圖書館聯盟仍維持跨校到館圖書互借服務,唯跨校線上圖書借閱免費服務僅限於中心學校暨12所夥伴學校以及國立中山大學等14校。